تعتبر الكنيسة القبطية الأرثوذكسية من أقدم الكنائس في العالم، وأصبح الأهتمام  بتاريخها جزء أصيل من تاريخ مصر وحضارتها، وبالضرورة يمثل المقر البابوى أحد أهم تراث الكنيسة الأرثوذكسية.

ويمر تاريخ المقر بـ7 محطات أساسية من بداية الكرازة في الإسكندرية القديس مارمرقس الرسول حتي عصرنا الحالي قداسة البابا تواضروس الثاني، وفي المحطة الثانية كنيسة السيدة العذراء المعلقة، شهدت جلوس 14 من البابوات على الكرسي البابوي، وكانت البابوات:

1-  البابا خريستوذولوس البطريرك 66 ( 1046- 1077 )
2- البابا كيرلس الثاني البطريرك 67 ( 1079 – 1092 )
3- البابا ميخائيل الأول البطريرك 68 (1093- 1102 )
4- البابا مكاريوس الثاني البطريرك 69 (1103- 1129 )
5-  البابا غبريال بن تريك البطريرك 70 (1131- 1145 )
6- البابا ميخائيل الثاني البطريرك 71 ( 1145- 1146 تقريبا )
7- البابا يؤانس الخامس البطريرك  72 ( 1147- 1166 )
8- البابا مرقس الثالث البطريرك 73 ( 1166- 1189 )
9- البابا يؤانس السادس البطيرك 74 ( 1189- 1216 )
10- البابا كيرلس الثالث “بن لقلق” البطريرك 75 ( 1235- 1243 )
11- البابا اثناسيوس الثالث بن كليل البطريرك 76 ( 1243- 1254 )
12- البابا غبريال الثالث البطريرك 77 ( 1269 – 1271 )
13- البابا يؤانس السابع البطريرك 78 (1271- 1293 )
14- البابا تاودسيوس الثاني البطريرك 79 ( 1293- 1300م )